Přestože fluorosilikonová pryž a běžná silikonová pryž patří do stejné rodiny silikonové pryže, mají významné rozdíly v chemické struktuře a výkonu. Fluorosilikonový kaučuk je modifikovaný silikonový kaučuk vzniklý zavedením fluorových prvků na bázi běžného silikonového kaučuku. Kvůli tomuto strukturálnímu rozdílu vykazuje fluorosilikonový kaučuk některé speciální vlastnosti.
Za prvé, fluorosilikonový kaučuk má lepší odolnost vůči vysokým a nízkým teplotám a může pracovat stabilně při extrémních teplotách od -60 stupňů do +230 stupňů, zatímco běžná silikonová pryž má obvykle teplotní odolnost v rozsahu {{2} } stupně až +200 stupně . Za druhé, fluorosilikonový kaučuk je mnohem odolnější vůči chemikáliím, jako jsou oleje, paliva a rozpouštědla, než běžná silikonová pryž, takže je široce používán v leteckém, automobilovém a chemickém průmyslu. Přestože má běžná silikonová pryž vynikající teplotní odolnost, je mírně nedostatečná v odolnosti vůči olejům a chemikáliím. Více se používá v elektronice, elektrotechnice a dalších oborech, které vyžadují vysokou izolaci, měkkost a odolnost proti povětrnostním vlivům.
Cena fluorosilikonové pryže je však vyšší a výrobní proces je složitější. Proto je v některých aplikačních scénářích běžná silikonová pryž stále ekonomičtější a praktičtější volbou. Pochopení rozdílů mezi těmito dvěma materiály může inženýrům a návrhářům pomoci učinit nejlepší volbu pro různé aplikace.